História aikidó je tesne spojená so životom jeho zakladateľa. Morihei Uešiba v mladosti študoval niekoľko tradičných škôl bojových umení so zbraňami aj bez nich. Z týchto škôl ho najviac ovplyvnilo Daito-ryu aikidžucu. Preto keď otvoril v roku 1921 v Ayabe svoje prvé dódžó, jeho učenie bolo s Daito-ryu veľmi podobné a nazývalo sa Uešiba-ryu aikidžucu. Slovo „džucu“ v názve poukazuje na blízky vzťah k „tvrdým“ starým bojovým umeniam.
Bojové umenie Moriheia Uešibu sa však neustále menilo, a keď založil v Tokiu nové dódžó (1931), zmenil sa aj názov. Nové meno bolo aikibudó a znamenalo „cesta bojovníka aiki“. Znak „dó“ zmenil nástroj zabíjania na životnú cestu a do popredia sa dostáva estetický a výchovný princíp, hoci znak „bu“ (bojový, vojnový) ešte zostal. Toto obdobie je charakteristické systematickým rozširovaním umenia a pochádzajú z neho mnohí kvalitní žiaci (R. Širata, B. Tanaka, K. Osava, G. Šioda, M. Hirai a K. Tohei), z ktorých niekoľkí opustili zakladateľovu organizáciu a založili si vlastné školy.
V roku 1942 došlo v názve umenia k poslednej zmene. Vypustením znaku „bu“ sa symbolicky stratil vzťah k násiliu a vzniklo dodnes používané slovo aikidó. Morihei Uešiba však odmietol vychovávať vojakov pre ničivú vojnu a utiahol sa na vidiek. To pre aikidó znamenalo prestávku až do roku 1948, kedy okupačné americké vojská zrušili v Japonsku zákaz vyučovania bojových umení. Obdobie 50-tych a 60-tych rokov je charakteristické stabilitou vyučovania a rozmachom aikidó nielen na japonských ostrovoch, ale aj inde vo svete. Mimo Japonska bolo „umenie mieru“ predstavené prvýkrát na Havaji v roku 1953, odkiaľ rýchlo preniklo do USA. Do Európy ho cez Francúzsko priniesli Abe a Močizuki. V tomto období vznikla International Aikido Federation ako organizácia zastrešujúca aikidó vedené rodinou Uešiba, ale aj mnoho iných organizácií náležiacich k rôznym štýlom.
Po smrti zakladateľa (1969) pokračovalo rozširovanie aikidó do celého sveta. Najmä do Európy a do USA prichádzali japonskí učitelia, ale aj ne-Japonci vracajúci sa domov z dlhodobých študijných pobytov v Japonsku. V tomto období sa od hlavnej vetvy Aikikai oddeľujú ďalšie vetvy a vznikajú nové organizácie. Zväčšuje sa tak pestrosť hnutia aikidó a vzniká priestor pre rôzne interpretácie umenia, ale aj (nanešťastie) pre nemiestne politizovanie.
Koncom osemdesiatych rokov sa začalo aikidó šíriť pod dohľadom zahraničných učiteľov aj do krajín východného bloku.